본문 바로가기
728x90
반응형

R note4

R 데이터 프레임에서 특정 열 값 변환하기 문제 상황R을 사용하다 보면 데이터 프레임의 특정 열 값을 변환해야 하는 경우가 많습니다. 예를 들어, 어떤 변수의 부호를 바꾸고 싶다고 가정해 봅시다. 다음과 같은 코드를 작성할 수 있습니다:df_raw$log_Fold_change 그러나 이 코드는 우리가 기대하는 대로 작동하지 않을 수 있습니다. 왜 그런 걸까요?올바른 코드위 코드는 데이터 프레임의 특정 열을 참조하는 방식 때문에 문제가 발생합니다. 데이터 프레임에서 열을 다룰 때는 $ 연산자를 사용하는 것이 일반적으로 더 적절합니다. 올바른 코드는 다음과 같습니다.df_raw$log_Fold_change 왜 이런 차이가 발생할까?R에서 데이터 프레임의 특정 열을 참조하는 방법에는 두 가지가 있습니다:df['column_name'] → 데이터 프레임.. 2025. 3. 13.
R에서 t.test() 오류 해결: "데이터는 본질적으로 상수입니다" R에서 t.test()를 사용할 때 다음과 같은 오류를 만난 적이 있나요?Error in t.test.default(c(1, 1, 1), c(0, 0, 0)) : data are essentially constant 이 오류는 두 그룹의 분산이 0일 때 발생합니다. 이번 글에서는 이 오류가 발생하는 이유와 이를 방지하는 방법을 알아보겠습니다.  🔍 문제 원인t.test()는 두 그룹의 평균 차이가 통계적으로 유의한지 확인하는 함수입니다. 하지만 분산이 0이면 그룹 내 값이 모두 같다는 의미이므로, t-검정을 수행할 수 없습니다. 예를 들어 다음 코드를 실행하면 오류가 발생합니다.t.test(c(1,1,1), c(0,0,0)) 출력 오류:Error in t.test.default(c(1, 1, 1), .. 2025. 3. 10.
Heatmap, GO Plot, KEGG Plot 1. Heatmap이란?Heatmap(히트맵)은 데이터 행렬을 색상으로 표현하여 값의 패턴을 시각적으로 쉽게 파악할 수 있는 방법입니다. 유전자 발현 데이터 분석에서 흔히 사용되며, 특정 조건에서 유전자들의 발현 변화 패턴을 확인할 수 있습니다. Heatmap 생성 코드 분석library('pheatmap')df_Fc2 코드 설명df_Fn 데이터를 df_Fc2로 복사행 이름을 유전자 이름(name)으로 설정특정 샘플(Control1, Control2, ...)만 선택하여 데이터프레임 갱신각 유전자의 발현 값을 min-max 정규화하여 -1~1 범위로 조정pheatmap 패키지를 사용해 히트맵 생성 아래와 같이 유전자 발현 양상을 한 눈에 볼 수 있습니다.       2. GO(Gene Ontology) .. 2025. 2. 1.
miRNA 데이터 분석 및 시각화 miRNA 발현 데이터를 분석하는 R 코드를 정리해보았습니다.     0. 필요 함수 불러오기library(readxl)library(clusterProfiler) library(tidyverse)   1. 데이터 불러오기setwd("C:/Users/abc/Desktop") # 작업 디렉토리 설정 설명:setwd() 함수는 작업 디렉토리를 설정하는 함수입니다.데이터를 불러올 디렉토리를 지정해야 파일을 찾을 수 있습니다.일반적으로는 같은 위치에 저장된 파일은 그냥 불러올 수 있습니다.data  설명:read.csv() 함수는 CSV 파일을 읽어 데이터프레임으로 변환합니다.header=TRUE 옵션은 첫 번째 행을 열 이름으로 사용하도록 지정합니다.   2. 그룹 나누기Group1  설명:데이터프레임의 특.. 2025. 2. 1.
728x90
반응형

티스토리툴바