728x90 반응형 생물정보학8 miRNet: miRNA 관련 네트워크 생성 및 분석 miRNA와 관련된 공부나 연구를 진행하다 보면 각각의 miRNA는 어떤 gene과 관련이 있고, 그 관련된 gene들은 어떤 대사에 영향을 미치는지 하나하나 찾아서 알기 쉽지 않습니다. 그러던 중, miRNA만 알면 그와 관련된 gene을 네트워크로 보여주거나, 관련된 gene들이 어떤 대사에 영향을 미치는지 등을 손쉽게 보여주는 사이트를 알게 되었습니다. [miRNet: a miRNA-centric network visual analytics platform] miRNet은 생물정보학 도구로, miRNA(마이크로 RNA)와 이들이 조절하는 유전자 네트워크를 분석하고 시각화하는 데 사용됩니다. miRNA는 유전자 발현을 조절하는 작은 비암호화 RNA 분자로, 다양한 생물학적 과정에서 중요한 역할을 .. 2024. 8. 19. g:Profiler - gene 데이터 변환 및 기능 분석 gene의 type을 원하는 형태로 변환할 수 있는 사이트를 찾다가, 유용한 사이트를 알게되어서 간단하게 정리해보았습니다. g:Profiler은 유전자 기능 분석 및 데이터 변환을 위한 강력한 도구입니다. 유전자 기능 분석 및 데이터 변환을 위한 다양한 도구들이 존재하지만, 그 중에서도 g:Profiler은 강력하고 다재다능한 도구 세트를 제공합니다. 다음은 사이트 주소입니다.https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost g:Profiler – a web server for functional enrichment analysis and conversions of gene lists biit.cs.ut.ee g:Profiler에는 아래와 같이 크게 4가지의 기능이 있습니다. .. 2024. 7. 30. bioDBnet - Gene ID 변경하기 (type 변경) miRNA와 같은 유전자 분석을 하는 과정에서 여러가지 어려움이 있었습니다. 예를 들면, 우리가 가지고 있는 RNA의 이름이 어떤 종류의 이름인지 알 수 없거나, 혹은 분석에 필요한 형식의 ID로 변환해야하는 경우 등이 있습니다. 이 과정에서 발견한 사이트가 'bioDBnet'입니다. 저는 여기에서 miRNA name을 gene symbol으로 바꾸거나, 가지고 있는 유전자 정보 이름의 형태가 무엇인지 등을 알아보는 도움을 받았습니다. [bioDBnet]해당 사이트는 Gene, UniProt, Ensembl, GO, Affy, RefSeq 등 다양한 생물학 데이터베이스를 통합하는 응용 프로그램입니다. 이 데이터베이스들은 여러 공개 자원에서 데이터를 다운로드 받아 생성되며, Advanced Biomed.. 2024. 7. 19. circRNA의 Target gene 찾기 (CircInteractome) circRNA(circular RNA)의 Target gene을 찾을 수 있는 사이트가 없는지 찾아보던 중, 각각의 circRNA와 관련있는 'RNA-binding proteins'과 'miRNA'를 찾아주는 사이트를 찾게 되었습니다. [Circular RNA Interactome]해당 사이트는 미국 국립 보건원인 National Institutes of Health (NIH)에서 제공하는 사이트 입니다. CircInteractome은 circRNAs와 관련된 다양한 생물학적 기능을 예측하고 매핑할 수 있는 계산 도구입니다. 이것은 수백 개의 RNA 결합 단백질(RBPs: RNA-binding proteins)과 miRNA가 포유류에서 유전자 발현을 조절하는 것으로 알려진 가운데, circRNAs가 .. 2024. 7. 18. Primer 짜는 방법 (NCBI) NCBI(National Center for Biotechnology Information)에서 우리에게 필요한 Primer를 짜는 방법에 대해서 간단히 정리해보려 합니다. 우선, NCBI에 접속을 합니다. 주소는 아래와 같습니다.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ National Center for Biotechnology Information www.ncbi.nlm.nih.gov 그럼, 아래와 같은 화면이 나옵니다. 저는 mRNA를 활용한 실험에 필요한 Primer를 짤 계획이기 때문에, 오른쪽의 항목들 중 'Nucleotide'를 선택하여 들어갔습니다. 그리고 검색창에 Primer를 짜고 싶은 대상을 검색해줍니다. 저의 경우에는, 사람에게 나타나는 gene을 대상으로 만들 계.. 2024. 7. 15. DAVID - gene 관계 분석 수행 [DAVID: Functional Annotation Bioinformatics Microarray Analysis] DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)는 연구자들이 대규모 유전자 목록의 생물학적 의미를 이해할 수 있도록 돕는 포괄적인 기능 주석 도구 세트를 제공하고 있습니다. 이 도구들은 여러 출처의 기능 주석을 통합하는 DAVID Gene 개념을 기반으로 구축된 DAVID Knowledgebase에 의해 지원됩니다. 특정 유전자 목록에 대해 DAVID 도구는 아래와 같은 수행을 할 수 있습니다.풍부한 생물학적 테마 확인: 특히 Gene Ontology (GO) 용어기능 관련 유전자 그룹 발견중복된 주석 용어 .. 2024. 7. 8. 이전 1 2 다음 728x90 반응형
