circRNA의 Target gene 찾기 (CircInteractome)

 
circRNA(circular RNA)의 Target gene을 찾을 수 있는 사이트가 없는지 찾아보던 중, 각각의 circRNA와 관련있는 'RNA-binding proteins'과 'miRNA'를 찾아주는 사이트를 찾게 되었습니다.
 
 
 
[Circular RNA Interactome]
해당 사이트는 미국 국립 보건원인 National Institutes of Health (NIH)에서 제공하는 사이트 입니다.
 
CircInteractome은 circRNAs와 관련된 다양한 생물학적 기능을 예측하고 매핑할 수 있는 계산 도구입니다. 이것은 수백 개의 RNA 결합 단백질(RBPs: RNA-binding proteins)과 miRNA가 포유류에서 유전자 발현을 조절하는 것으로 알려진 가운데, circRNAs가 miRNA를 스폰지처럼 흡수하여 유전자 발현을 조절할 수 있다는 최근 보고에 기반하여 정보를 제공합니다. 해당 사이트에서는 109개의 RNA 결합 단백질 데이터셋을 사용하여 circRNAs의 RNA 결합 부위를 검색하여 정보를 제공합니다. CircInteractome은 Targetscan 예측 도구를 사용하여 circRNAs를 잠재적으로 표적화할 수 있는 miRNAs를 예측하여 제공합니다. 이 사이트는 보고된 circRNAs에 대해 RBPs와 miRNAs의 결합 부위를 예측하고 매핑할 수 있습니다.
 
CircInteractome의 주요 기능은 아래와 같습니다.

• circRNA 이름 검색
• circRNA의 유전체 위치 및 가장 잘 일치하는 전사체 검색
• 유전체 및 성숙한 circRNA 서열 검색
• circRNA 및 circRNA의 상류/하류 서열에 결합하는 RNA 결합 단백질(RBP) 검색
• circRNA 접합부에 결합하는 RBP 식별
• circRNA를 표적으로 하는 miRNA 식별
• circRNA를 위한 divergent primer 설계
• circRNA에 특이적인 siRNA 설계

 
(업데이트 날짜가 2020-01-30로 나와있는데, 더 최신 버전은 없는지 아직 확인은 못했습니다. - 유사해보이는 사이트로 'circAtlas'라는 곳이 있는데, 필요하면 같이 봐보는 것도 좋은 시도 같습니다.)
 
 
 
주소는 아래와 같습니다.
https://circinteractome.nia.nih.gov/

Home

 
 
다음과 같은 화면을 볼 수 있습니다.

 
 
첫번째 항목 'Circular RNA'에서는 circRNA의 이름을 검색하여 원하는 'RNA 결합 단백질'과 같은 결과를 얻을 수 있습니다.
(반대로 Gene Symbol을 검색하여 관련된 circRNA 정보들을 얻을수도 있습니다.)

 
 
circRNA의 이름을 검색하여 얻은 'RNA 결합 단백질' 결과를 포함한 결과 화면입니다.

 
 
그 다음 항목인 'RBP on CircRNA'에서는 'RNA 결합 단백질'과 circRNA를 함께 입력하여, 해당 'RNA 결합 단백질'에 매칭되는 circRNA를 찾아주는 것으로 보입니다.

 
 
세번째 항목인 'miRNA Target Sites'는원하는 circRNA를 넣으면, 그에 매칭되는 miRNA를 보여주는 항목입니다.

 
 
그 결과는 아래와 같이 나오게 됩니다.

 
 
 

circRNA의 Target gene을 바로 알아내는 것은 어려워 보입니다.

귀찮지만, 두 단계를 거쳐서 얻을 수 있을 것으로 생각됩니다.

먼저, circRNA와 상호작용을 하는 miRNA의 리스트를 얻습니다.
(circRNA와 상호작용을 하는 RNA 결합 단백질이 RNA와 상호작용을 하기 때문에 이 점을 생각하면 circRNA에 영향을 받는 miRNA를 먼저 구하는 것이 맞다고 생각됩니다.)

다음으로, 위에서 얻은 miRNA 리스트를 Targetscan 사이트에서 검색해 Target gene을 얻는 것입니다.
(Targetscan 참고: 2024.07.05 - [생물정보학] - TargetScan - miRNA Target gene 찾기 (생물학적 표적 예측 서버))

 

이렇게 하면 circRNA의 Target gene을 얻을 수 있을 것으로 생각됩니다.






그 외에도 Divergent Primers를 생성해주는 항목과 circRNA 접합부에 대한 siRNA 검색 등을 제공합니다.
 
 
 
 
 
 

TargetScan - miRNA Target gene 찾기 (생물학적 표적 예측 서버)