STRING - 단백질 상호작용 정보 데이터베이스

 

[STRING: functional protein association networks]

 

STRING는 알려지거나 예측된 단백질-단백질 상호작용에 대한 데이터베이스를 제공하는 사이트 입니다. 이 상호작용은 직접적인(물리적) 상호작용과 간접적인(기능적) 연관성을 포함하며, 계산 예측, 생물체 간의 지식 이전, 및 다른(주요) 데이터베이스에서 수집된 상호작용에서 비롯된다고 합니다.

 

단백질-단백질 상호작용 네트워크는 세포 과정의 시스템 수준 이해에 중요한 요소를 제공합니다. 이러한 네트워크는 기능 유전체학 데이터를 필터링하고 평가하며, 단백질의 구조적, 기능적, 진화적 특성을 주석 달기에 유용한 플랫폼을 제공합니다. 예측된 상호작용 네트워크를 탐색하면 미래의 실험 연구 방향을 제시하고 효율적인 상호작용 매핑을 위한 교차 생물종 예측을 제공합니다.

 

STRING에서 제공하는 데이터베이스를 활용하여, 우리는 원하는 단백질과 연관성이 높은 단백질이 어떤 것이 있는지 확인할 수 있습니다.

 

 

STRING 사이트의 주소는 아래와 같습니다.

https://string-db.org/cgi/input?sessionId=bxKgAxX3mk0n&input_page_show_search=on

STRING: functional protein association networks

 

 

들어가면, 아래와 같은 화면을 볼 수 있습니다.

 

 

해당 화면에서는 한가지의 단백질 이름을 검색한 후, 그 단백질과 연관이 높은 여러 단백질들을 찾아 보여주게 됩니다. 저는 사람에서 관찰되는 단백질인 'BAZ2B'를 적고 아래의 분류에서 'Homo sapiens'를 찾아 검색을 진행하였습니다.

 

 

아래와 같은 검색 결과를 얻을 수 있습니다.

단백질 'BAZ2B'와 상호작용을 할 것으로 밝혀지거나 예상되는 단백질들을 찾아서 보여주었고, 아래의 설명을 통해 자세한 정보도 얻을 수 있습니다.

 

 

만약, 이미 알고 있는 두 가지 이상의 단백질을이 서로 상호작용이 있는지 궁금하다면, 'Multiple proteins'를 활용할 수 있습니다.

 

 

아래와 같은 결과를 얻을 수 있습니다.