TargetScan - miRNA Target gene 찾기 (생물학적 표적 예측 서버)

 
TargetScan은 생물정보학 분야에서 miRNA(마이크로 RNA)의 생물학적 표적을 예측하는 웹 서버입니다. 이 도구는 각 miRNA의 씨앗 영역(seed region)과 일치하는 부위를 찾아 표적을 예측합니다. (많은 종에 대해, 3'-보상 부위라는 다른 유형의 부위도 식별된다고 합니다.) 이러한 miRNA 표적 예측은 David Bartel 연구실과 Whitehead Institute Bioinformatics and Research Computing Group에 의해 정기적으로 업데이트되고 개선됩니다.
 
TargetScan은 TargetScanHuman, TargetScanMouse, TargetScanFish, TargetScanFly, TargetScanWorm을 포함하며, 인간, 쥐, 제브라피쉬, 초파리, 예쁜꼬마선충의 유전자 중심으로 포유류, 어류, 곤충 및 선충에 대한 예측을 제공합니다. 다른 표적 예측 도구들과 비교할 때, TargetScan은 각 miRNA에 대한 예측 표적의 정확한 순위를 제공합니다. 이러한 순위는 진화적으로 보존된 표적화의 확률(PCT 점수)이나 억제 효능의 예측(context++ 점수)을 기반으로 합니다.
 
또한, TargetScan의 또 다른 특징은 추가 mRNA 주석을 사용하는 것입니다. 특히, TargetScanWorm과 TargetScanFish는 실험적으로 정확한 고처리량 방법을 사용하여 결정된 polyadenylation 부위를 사용하여 정의된 C. elegans와 제브라피쉬 mRNA 모델을 기반으로 합니다.
 
TargetScan 사이트 주소는 아래와 같습니다.
https://www.targetscan.org/vert_80/

TargetScanHuman 8.0

 
업데이트 된 날짜의 기준에 따라 버전이 다르게 존재하는 것으로 보입니다.
https://www.targetscan.org/vert_72/

TargetScanHuman 7.2

 
 
해당 서버에 접속을 하면, 아래와 같은 화면으로 이동하게 됩니다.

 
 
여기에서 'Select a species'에서 찾고 싶은 miRNA의 종을 선택합니다.
그 후, 아래의 목록들에서 원하는 세팅을 할 수 있는데, 그냥 맨 아래에 있는 'Enter a nicroRNA name'에 찾고 싶은 miRNA의 이름을 적은 후 Submit을 눌러도 찾을 수 있습니다. 그럼, 아래와 같이 검색 결과를 보여줍니다.

 
 
위 그림의 경우, 1388개의 row를 얻었고, 그 말은 예측되는 target gene가 1388개라는 것을 의미합니다. 'Download table'을 클릭하여 해당 데이터 셋을 다운받을 수 있습니다.
 
 
데이터마다 조금 씩 다르지만, 이번에 찾은 데이터의 경우에는 다음과 같은 정보들을 가지고 있습니다.

• Target gene
• Representative transcript
• Gene name
• Number of 3P-seq tags supporting UTR + 5
• Link to sites in UTRs
• Conserved sites
• Poorly conserved sites
• 6mer sites
• Representative miRNA
• Predicted occupancy
• Cumulative weighted context++ score
• Total context++ score
• Aggregate PCT
• Previous TargetScan publication(s)

 
 
유사한 사이트로는 'miRBase'이라는 사이트도 있습니다.