miRNet: miRNA 관련 네트워크 생성 및 분석

 

miRNA와 관련된 공부나 연구를 진행하다 보면 각각의 miRNA는 어떤 gene과 관련이 있고, 그 관련된 gene들은 어떤 대사에 영향을 미치는지 하나하나 찾아서 알기 쉽지 않습니다. 그러던 중, miRNA만 알면 그와 관련된 gene을 네트워크로 보여주거나, 관련된 gene들이 어떤 대사에 영향을 미치는지 등을 손쉽게 보여주는 사이트를 알게 되었습니다.

 

 

 

[miRNet: a miRNA-centric network visual analytics platform]

 

miRNet은 생물정보학 도구로, miRNA(마이크로 RNA)와 이들이 조절하는 유전자 네트워크를 분석하고 시각화하는 데 사용됩니다. miRNA는 유전자 발현을 조절하는 작은 비암호화 RNA 분자로, 다양한 생물학적 과정에서 중요한 역할을 합니다. miRNet은 사용자에게 miRNA와 타겟 유전자 간의 상호작용을 탐색할 수 있는 인터페이스를 제공하며, 이 상호작용 네트워크를 기반으로 다양한 생물학적 통찰을 얻을 수 있도록 지원합니다.

주요 기능으로는 데이터 통합, 네트워크 시각화, 기능적 분석 및 경로 분석 등이 있으며, 이를 통해 miRNA 연구에서 중요한 도구로 사용됩니다.

 

 

 

miRNet의 주소는 아래와 같습니다.

https://www.mirnet.ca/miRNet/home.xhtml

miRNet

 

 

들어가면, 다음과 같은 화면을 볼 수 있습니다.

 

 

설명으로는 miRNAs, miR-SNPs, genes, transcription factors, small molecules, ncRNAs, diseases 등과 같은 다양한 요소들을 input으로 하여 여러가지 정보를 얻을 수 있다고 합니다. 하지만, 제가 해보았을 때는 miRNA나 gene 정보의 경우에는 잘 작동하였는데, circRNA와 같은 것들을 input으로 할 때에는 원하는 결과를 얻지는 못하였습니다.

 

 

저는 miRNA와 관련된 네트워크 정보를 얻기 위해, 아래와 같이 miRNA 항목으로 들어갔습니다.

 

 

그럼 아래와 같은 화면으로 넘어가게 됩니다.

 

이때, 'Organism'에는 분석하고자 하는 miRNA가 어떤 조직에 해당하는 것인지 선택을 합니다. 저의 경우에는 사람 대상 분석이라 'H. sapiens (human)'를 선택하였습니다. 'ID type'은 기입하고자 하는 miRNA의 type을 정해주는 것 입니다. 그리고 'Targets'에서는 분석하고자 하는 타겟을 정해주는 것 인데, 저는 'Genes (miRTarBase v9.0)'과 'Genes (TarBase v9.0)' 두 가지를 선택하였습니다.

 

 

필요한 항목들을 다 선택한 후, 분석을 원하는 miRNA를 기입합니다. 이때, 정확히 miRNA 이름을 기입 후 엔터를 눌러주고 다음 miRNA ID를 기입해야 합니다. 엔터를 두번 누르는 등의 사소한 것도 인식 오류로 이어지기 때문에 조심해야 합니다.

 

그 후, submit을 눌러주고, 그 다음에는 proceed를 눌러 넘어가줍니다.

 

 

조금 기다리면 다음과 같은 화면이 나오게 됩니다.

 

그럼 네트워크의 노드와 엣지가 어떻게 구성되어 있는지의 정보를 보여줍니다. 네트워크가 너무 크다 싶으면, 오른쪽의 여러가지 네트워크 툴에서 여러가지 케트워크 간략화를 선택하여 각각의 기준에 맞게 중요한 노드와 엣지로 추려진 네트워크를 볼 수 있습니다. 최종적으로는 proceed를 눌러 넘어갑니다.

반응형

 

 

그럼, 최종적으로 아래와 같은 네트워크를 얻게 됩니다. 시각화를 위해 노드와 엣지의 디자인을 수정할 수 있습니다. 그리고 각 노드의 정보와 degree, betweenness와 같은 네트워크 물성도 나와있습니다. 또한, 오른쪽의 버튼을 이용해 GO, KEGG 등의 분석 결과를 볼 수 있습니다.

 

 

 

 

 

 

728x90

miRNet과 관련해서 필요하다면, 아래의 논문을 참고해보면 좋을 것 같습니다.

https://academic.oup.com/nar/article/48/W1/W244/5850315

miRNet 2.0: network-based visual analytics for miRNA functional analysis and systems biology