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DAVID - gene 관계 분석 수행 [DAVID: Functional Annotation Bioinformatics Microarray Analysis] DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)는 연구자들이 대규모 유전자 목록의 생물학적 의미를 이해할 수 있도록 돕는 포괄적인 기능 주석 도구 세트를 제공하고 있습니다. 이 도구들은 여러 출처의 기능 주석을 통합하는 DAVID Gene 개념을 기반으로 구축된 DAVID Knowledgebase에 의해 지원됩니다. 특정 유전자 목록에 대해 DAVID 도구는 아래와 같은 수행을 할 수 있습니다.풍부한 생물학적 테마 확인: 특히 Gene Ontology (GO) 용어기능 관련 유전자 그룹 발견중복된 주석 용어 .. 2024. 7. 8.
세포분열, 세포자멸사 [세포분열 (cell division)]사람의 몸을 구성하는 수많은 세포는 수정란이라는 하나의 세포에서 유래하나의 세포가 두 개의 세포로 되는 현상을 세포분열이라 함유사분열과 무사분열이라는 두 가지 방식 존재 유사분열 (mitosis)염색질이 염색체로 되고 이들이 둘로 나뉘어 딸핵을 형성유전물질이 균등하게 나누어지고 이어서 세포질이 둘로 나뉘어 두 개의 딸세포 형성체세포분열(mitosis)와 감수분열(meiosis) 두 종류 존재체세포분열딸세포도 어미세포처럼 두배수체(2n)의 염색체 가짐대를 이어서 염색체수와 유전정보 유지감수분열생식세포의 분열방식딸세포인 생식세포는 홑배수테(1n)의 염색체 가짐세포주기(cell cycle)는 두 가지 과정으로 나뉨유사분열(Mitosis): 비교적 짧은 시간 동안 핵과 세.. 2024. 7. 8.
STRING - 단백질 상호작용 정보 데이터베이스 [STRING: functional protein association networks] STRING는 알려지거나 예측된 단백질-단백질 상호작용에 대한 데이터베이스를 제공하는 사이트 입니다. 이 상호작용은 직접적인(물리적) 상호작용과 간접적인(기능적) 연관성을 포함하며, 계산 예측, 생물체 간의 지식 이전, 및 다른(주요) 데이터베이스에서 수집된 상호작용에서 비롯된다고 합니다. 단백질-단백질 상호작용 네트워크는 세포 과정의 시스템 수준 이해에 중요한 요소를 제공합니다. 이러한 네트워크는 기능 유전체학 데이터를 필터링하고 평가하며, 단백질의 구조적, 기능적, 진화적 특성을 주석 달기에 유용한 플랫폼을 제공합니다. 예측된 상호작용 네트워크를 탐색하면 미래의 실험 연구 방향을 제시하고 효율적인 상호작용 매핑을.. 2024. 7. 8.
TargetScan - miRNA Target gene 찾기 (생물학적 표적 예측 서버) TargetScan은 생물정보학 분야에서 miRNA(마이크로 RNA)의 생물학적 표적을 예측하는 웹 서버입니다. 이 도구는 각 miRNA의 씨앗 영역(seed region)과 일치하는 부위를 찾아 표적을 예측합니다. (많은 종에 대해, 3'-보상 부위라는 다른 유형의 부위도 식별된다고 합니다.) 이러한 miRNA 표적 예측은 David Bartel 연구실과 Whitehead Institute Bioinformatics and Research Computing Group에 의해 정기적으로 업데이트되고 개선됩니다. TargetScan은 TargetScanHuman, TargetScanMouse, TargetScanFish, TargetScanFly, TargetScanWorm을 포함하며, 인간, 쥐, 제브라.. 2024. 7. 5.
핵 (Nucleus), 염색체 (Chromosome) [핵, Nucleus]핵은 유전정보의 발현과 세포분열의 두 가지 기능을 갖는 중요한 기구성숙한 적혈구, 혈소판, 수정체 섬유, 표피, 손/발톱 등 각질화한 세포를 제외하고 모든 세포에 존재일반적으로 한 세포에 한개의 핵이 존재 (간세포(hepatocyte), 벽세포(parietal cell), 뼈파괴세포(osteocyte), 거대핵세포(megakaryocyte) 등은 두 개 이상의 핵이 있는 경우 존재)보통은 둥글고, 세포의 종류나 환경에 따라 여러 가지 형태노 나타남.대개 지름이 3~14㎛ 정도H-E 염색에서 핵산과 염기성 단백질 때문에 호염기성으로 푸르게 염색됨합성활동이 활발한 세포의 경우, 핵 속에 존재하는 DNA가 풀려 있어 부피가 늘어나기 때문에 핵의 크기도 커짐핵은 유전자물질을 갖고 있고, 세.. 2024. 7. 5.
역전사 중합효소 연쇄 반응 (RT-PCR, Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction) 역전사 중합효소 연쇄 반응(Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction, RT-PCR)은 RNA를 DNA로 전환한 후, 그 DNA를 증폭하는 기술입니다. RNA는 구조적으로 매우 불안정하기 때문에, RNA 자체를 증폭시키면, 변이가 많이 발생하게 되기 때문에, cDNA를 통한 증폭 기술을 활용합니다. 이 방법은 RNA 바이러스의 검출, 유전자 발현 분석, cDNA 합성 등에 사용됩니다. RT-PCR은 크게 다음의 두 단계로 이루어집니다.  1. 역전사(Reverse Transcription)이 단계에서는 RNA를 DNA로 변환합니다. 이를 위해 역전사 효소(Reverse Transcriptase)가 필요합니다. 역전사 효소는 RNA 서열을 상보적인 DNA(cDNA.. 2024. 7. 1.
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